Таргетная деплеция TRBV9+ Т-лимфоцитов в качестве иммунотерапии пациента с анкилозирующим спондилитом

Британова О.В., Лупырь К.Р., Староверов Д.Б., Шагина И.А., Александров А.А., Устюгов Я.Ю., Сомов Д.В., Клименко А.А., Шостак Н.А., Звягин И.В., Степанов А.В., Мерзляк Е.М., Давыдов А.Н., Израэльсон М., Егоров Е.С., Богданова Е.А., Владимирова А.К., Яковлев П.А., Федоренко Д.А., Иванов Р.А., Скворцова В.И., Лукьянов С.А., Чудаков Д.М.

Анкилозирующий спондилит (АС), псориатический артрит и другие спондилоартриты связаны с носительством HLA-B*27:05, что указывает на общий антигенный путь развития этих заболеваний [1]. Две группы авторов описали характерный мотив TCRβ CDR3 CD8+ Т-клеток в периферической крови пациентов с АС по срав нению с HLA-B*27+ здоровыми донорами. У пациентов с AC данный мотив представлен в большем количестве в синовиальной жидкости, чем в периферической крови [2–4]. Концентрация этого CDR3 мотива также повышена в синовиальной жидкости HLA-B*27+ пациентов с реактивным артритом, который представляет собой воспалительный иммунный ответ, вызванный инфекцией, и может впоследствии приводить к развитию АС [5]. Кроме того, недавно мы описали аутопептиды и бактериальные пептиды, которые презентируются HLAB* 27:05 и распознаются соответствующими TCR, связанными с АС. Эти данные подтверждают теорию артритогенного пептида [1,6]. В совокупности полученные данные дают веские основания предполагать, что клоны TRBV9+ CD8+ Т-лимфоцитов, несущие характерный мотив CDR3, вовлечены в развитие аутоиммунитета при АС и других вариантах HLA-B*27-ассоциированных ауто иммунных спондилоартритов, включая острый передний увеит [6], псориатический артрит [7], ювенильный идиопатический артрит и болезнь Крона [8,9] (рис. 1a).

Рис. 1. HLA-B*27-ассоциированные спондилоартриты, а также механизм действия и эффекты анти-TRBV9-иммунотерапии. a. Концепция артритогенного пептида. CD8+ Т-лимфоциты, праймированные микробными пептидами, презентированными HLA-B*27, образуют популяции Т-клеток памяти, которые затем в результате перекрестной реактивности взаимодействуют с собственными пептидами, связанными с HLA-B*27 [22]. В зависимости от хоуминга Т-лимфоцитов и других факторов формируется клиническая картина HLA-B*27-ассоциированного спондилоартрита, характерная для этого аутоиммунного заболевания. b. Терапия цитотоксическими антителами к TRBV9 приводит к полной элиминации TRBV9+ Т-лимфоцитов посредством нескольких механизмов: антителозависимой клеточной цитотоксичности, осуществляемой естественными киллерными клетками (NK), белками комплемента, а также антителозависимого клеточного фагоцитоза макрофагами (MΦ), такими как купферовские клетки печени [23]. c. Анти-TRBV9-терапия направлена на уничтожение клонов TRBV9+ Т-лимфоцитов, в том числе аутоиммунных, но не приводит к системным изменениям ни одной из ветвей Т-клеточного иммунитета. Показаны только наиболее частые сегменты гена TRBV

Предшествующие исследования на моделях аутоиммунитета и рака у животных продемонстрировали эффективность и безопасность терапевтической деплеции подгруппы Т-лимфоцитов, несущих определенный сегмент гена TCR [10-13].

Мы предположили, что селективная деплеция TRBV9+ Т-лимфоцитов с помощью анти-TRBV9 цитотоксического антитела (рис. 1b) может обеспечить безопасную и эффективную терапию HLA-B*27-ассо ции рованных аутоиммунных заболеваний. Т-лимфоциты, TCR которых содержит бета-цепь семейства TRBV9, составляют приблизительно 4% от всех Т-клеток человека [14]. Таким образом, анти-TRBV9-терапия не подавляет системно какую-либо ветвь адаптивного Т-клеточного ответа (например, Th1, Th2, Th17, Th1-17, Th22, Treg, TFH или CD8+ Т-клетки; рис. 1c), а оставшиеся 96% репертуара наивных Т-клеток и Т-клеток памяти в значительной степени покрывают антигенные специфичности, необходимые для иммунной защиты. Соответственно, такая терапия не должна быть связана с риском системной иммуносупрессии.

Для подтверждения этой гипотезы сначала мы продемонстрировали эффективность и безопасность антитело-опосредованной деплеции TRBV9+ Т-лимфоцитов на нечеловекообразных приматах. Затем мы провели целенаправленную деплецию TRBV9-позитивных Т-лимфоцитов у HLA-B*27+ пациента с АС. Это вмешательство привело к глубокой деплеции целевой популяции клеток и сопровождалось резким улучшением показателей активности заболевания в течение 3 мес после введения препарата. Некоторые симптомы заболевания частично вернулись через 10 мес одновременно с повторным появлением патогенного мотива TCRβ CDR3 среди Т-лимфоцитов периферической крови, что подтверждает его ведущую роль в развитии АС. Пос ледующее проведение анти-TRBV9-терапии привело к устранению патологического мотива TCRβ CDR3 и наступлению полной ремиссии, которая на настоящий момент сохраняется в течение 4 лет на фоне поддерживающей анти-TRBV9-терапии каждые 4 месяца.

Мы надеемся, что развитие методов идентификации связанных с аутоиммунными заболеванием мотивов TCR в ассоциированных контекстах HLA [4,7,8,15-17] позволит разработать таргетные иммунотерапевтические стратегии в отношении как минимум части аутоиммунных заболеваний.

Доклинические исследования

Исследуемый препарат BCD-180, представляющий собой цитотоксическое гуманизированное моноклональное антитело к TRBV9, был произведен АО "БИОКАД" и изучен в доклинических исследованиях. Препарат BCD-180 вызывал выраженную дозозависимую деплецию TRBV9+ Т-лимфоцитов в периферической крови при однократном внутривенном введении макакам-резусам (Macaca mulatta). Это было подтверждено с помощью TRBV9-специфичной полимеразной цепной реакции (ПЦР) в реальном времени (дополнительные данные, рис. 1a–c) и анализа репертуаров TCR (дополнительные данные, рис. 1d–i). У животных, которым вводили препарат в высокой дозе (10 мг внутривенно), деплеция целевой популяции Т-лимфоцитов наблюдалась в течение приблизительно 90 дней, после чего происходило ее постепенное восстановление (дополнительные данные, рис. 1b). Более детальное исследование было проведено на Macaca fascicularis, которым вводили препарат BCD-180 в дозе 3, 10 или 30 мг/кг внутривенно каждые 2 недели в течение 6 недель с 20-недельным периодом наблюдения без введения препарата. Во всех случаях наблюдалась выраженная деплеция TRBV9+ T-лимфоцитов в периферической крови в течение 21 дня после введения первой дозы препарата (дополнительные данные, рис. 1j). Анализ фармакокинетики показал профиль, типичный для терапевтических моноклональных антител [18]. Макси мальная концентрация и площадь под кривой увеличивались пропорционально дозе, что свидетельствует о линейной фармакокинетике (дополнительные данные, рис. 1k). Препарат BCD-180 не вызывал побочных эффектов у M. fascicularis и раздражение в местах введения (дополнительное примечание 1).

Описание пациента с анкилозирующим спондилитом

Мужчина, 1963 года рождения. В детстве развивался нормально. Наследственность не отягощена. Первые симптомы АС появились в возрасте 20 лет после переохлаждения во время пешего похода (рис. 2a). Через некоторое время после незначительной травмы позвоночника отмечено нарастание общей скованности и боли в поясничном отделе в утренние часы, а также боли и ограничения подвижности в тазобедренных суставах. Постепенно появилось выраженное ограничение подвижности в шейном и поясничном отделах позвоночника. В 1986 г. был диагностирован АС. В 1999 г. при рентгенографии костей таза выявлен двусторонний сакроилиит III стадии (дополнительные данные, рис. 2), в это же время обнаружен HLA-B*27. С 1983 по 2004 г. пациент принимал индометацин, дозу которого постепенно увеличивал в связи со снижением эффективности. В этот период ограничение подвижности постепенно распространилось на все отделы позвоночника. С 2004 по 2009 г. проводилась терапия ингибитором фактора некроза опухоли альфа (ФНОα) инфликсимабом, который вызывал уменьшение боли и скованности в позвоночнике, однако после 5-летнего применения эффект препарат был утрачен. До 2009 г. активность заболевания оставалась высокой (рис. 2b, c). В мае 2009 г. пациенту проведена аутологичная трансплантация гемопоэтических стволовых клеток (ТГСК) [19,20], что привело к стабильной ремиссии АС длительностью около 2 лет. В этот период в периферической крови пациента наблюдалось снижение доли связанного с АС мотива CDR3 Т-клеток, что подтверждено данными глубокого анализа репертуаров TCRβ и таргетного анализа репертуаров TRBV9 (рис. 2m, показано стрелкой).

Рис. 2. История болезни пациента до и на фоне проведения анти-TRBV9-терапии. a. Медицинский анамнез пациента. b. ASDAS-CRP. c. BASDAI. d. BASMI. e–k. Показатели подвижности позвоночника в ходе лечения. l. Доля клонотипов TRBV9 и TRBV7-8 в периферической крови по данным глубокого анализа репертуаров TCRβ. m. Доля мотива CDR3, связанного с АС (значок показан на вставке), в общем репертуаре TCRβ в периферической крови по результатам глубокого таргетного анализа репертуаров TRBV9 с учетом доли клонотипов TRBV9 TCRβ в периферической крови. Стрелками показана деплеция TRBV9 (l) и мотива CDR3, связанного с АС (m), после ауто-ТГСК. Во время терапии анти-TRBV9 стрелками показан период рецидива, который сопровождался обнаружением в периферической крови мотива CDR3, связанного с АС

2013 г. активность заболевания повысилась. С 2013 по 2019 г. проводилась терапия различными ингибиторами ФНОα, в том числе инфликсимабом, адалимумабом, голимумабом и цертолизумаба пэголом. Эффект каждого из них сохранялся в течение 0,5–1 года, но после 1–2 лет терапии другим ингибитором ФНОα пациент возвращался к ранее применявшимся препаратам этой группы, которые снова демонстрировали достаточно высокую эффективность. По данным клинического обследования и рентгенографии тазобедренных суставов, у пациента был диагностирован двусторонний коксит. В 2016 г. после тотального эндопротезирования левого тазобедренного сустава было достигнуто значительное улучшение индекса BASMI за счет увеличения объема движений в тазобедренных суставах (рис. 2d, g). Несмотря на продолжающуюся терапию ингибиторами ФНОα, пациент попрежнему испытывал боль и скованность во всех отделах позвоночника, выраженное ограничение движений в шейном отделе и боль в правом тазобедренном суставе.

Лечение моноклональным антителом к TRBV9 в дозе 60 мг внутривенно было начато 27 марта 2019 г. после получения одобрения этическим комитетом Россий ского национального исследовательского медицинского университета имени Н.И. Пирогова и предоставления письменного информированного согласия. Премеди кация включала однократное введение преднизолона (120 мг внутривенно), ондансетрона (8 мг внутривенно), хлоропирамина (20 мг внутримышечно) и парацетамола (1000 мг внутрь). Во время инфузии у пациента наблюдались легкая усталость, тошнота и преходящая артериальная гипертония, что, вероятно, было связано с введением глюкокортикостероида. Нежелательных явлений 2–4-й степени тяжести зарегистрировано не было. Через 10 дней после начала лечения у пациента резко снизилась доля TRBV9+ T-лимфоцитов в периферической крови, что подтверждено результатами анализа репертуаров TCRβ в мононуклеарных клетках периферической крови (рис. 2l и дополнительные данные, рис. 3) и ПЦР в реальном времени (дополнительные данные, рис. 4). Из периферической крови исчез мотив CDR3, связанный с АС (рис. 2m). В то же время представленность Т-лимфоцитов, несущих TCR c TRBV других семейств, оставалась неизменной (дополнительные данные, рис. 3a), а общая клональность репертуара TCRβ не изменилась (дополнительные данные, рис. 3b).

В течение 3 мес после введения препарата самочувствие пациента постепенно улучшилось (рис. 2b–k). У него исчезли утренняя скованность в позвоночнике и боль в правом тазобедренном суставе, а физическая активность увеличилась. Эти положительные эффекты сохранялись. Пациент начал активно заниматься лечебной физкультурой с упором на дыхательные мышцы, мышцы передней брюшной стенки и конечностей. Ранее такая активность была ограничена из-за сильных болей в суставах и ухудшения самочувствия. В этот период пациент прекратил терапию ингибитором ФНОα.

С целью элиминации TRBV9+ Т-лимфоцитов, которые могли сохраниться в организме пациента, в июле 2019 г. была введена вторая доза (120 мг) анти-TRBV9терапии, несмотря на продолжающуюся ремиссию. В ходе введения второй (более высокой) дозы моноклонального антитела к TRBV9 у пациента не наблюдалось побочных эффектов. По-видимому, это было связано с тем, что после введения первой дозы препарата доля TRBV9+ Т-лимфоцитов в крови у него была крайне низкой (рис. 2l).

После периода устойчивой ремиссии в марте 2020 г. у пациента вновь начали появляться симптомы заболевания после физического перенапряжения: боль в верхней части грудной клетки и чувство стеснения и скованности в виде "кольца" в области грудной клетки. Пациент также сообщал о неприятных ощущениях и чувстве тяжести в нижних конечностях после нахождения в положении стоя в течение 5–10 минут. Отмечено также увеличение индекса BASDAI (рис. 2c, показано стрелкой). Хотя общая доля TRBV9+ Т-лимфоцитов в периферической крови оставалась чрезвычайно низкой (рис. 2l), глубокий таргетный анализ репертуаров TRBV9 TCR показал повторное появление мотивов CDR3, связанных с АС (рис. 2m, стрелка). На основании этих данных в мае 2020 г. пациенту была повторно проведена анти-TRBV9-терапия (в дозе 160 мг), при этом побочных эффектов не возникло. Клинические симптомы заболевания полностью исчезли в течение 10 дней после инфузии. Следует отметить, что одновременно мотив CDR3, связанный с АС, исчез из периферической крови и более не определялся (рис. 2m). В дальнейшем пациент получал инфузии моноклонального антитела к TRBV9 один раз в 4 месяца в дозе 320–500 мг (рис. 2а) без побочных эффектов.

На момент написания статьи у пациента наблюдается полная ремиссия (исходя из стандартных индексов активности заболевания) в течение 4 лет с момента начала анти-TRBV9-терапии (рис. 2b, c). Пациент больше не получает терапию ингибиторами ФНОα. Также отмечено улучшение показателей подвижности позвоночника и индекса BASMI (рис. 2d–k). Мы связываем эти улучшения со снижением выраженности мышечной боли и скованности.

С 2016 по 2019 г. у пациента наблюдалось рентгенологическое прогрессирование в шейном отделе позвоночника: увеличение модифицированного индекса mSASSS (modified Stoke Ankylosing Spondylitis Spine Score) с 21 до 25 баллов. По данным рентгенографии в 2022 г., этот показатель стабилизировался на уровне 26 баллов (дополнительные данные, рис. 5b). Рентгено грам мы правого тазобедренного сустава с 2020 по 2023 г. показали постепенное разрушение одного из остеофитов, который постоянно увеличивался в размерах на протяжении всего предшествующего периода наблюдения (дополнительные данные, рис. 6). Оценка синдесмофитов, энтезофитов и других остеофитов не показала прогрессирования заболевания.

Обсуждение

В данной статье описана таргетная иммунотерапия аутоиммунного заболевания с использованием моноклонального антитела, вызывающего избирательную деплецию узкой TRBV9-содержащей подгруппы Т-лимфоцитов, включающей клоны, связанные с развитием аутоиммунитета. Исследуемая терапия оказалась успешной и привела к долгосрочной полной ремиссии заболевания при недостаточной эффективности предшествующих методов лечения. Это продемонстрировало осуществимость, переносимость и эффективность антитело-опосредованной деплеции TRBV9+ Т-лимфоцитов для лечения АС.

В настоящее время анти-TRBV9-терапия изучается в клинических исследованиях II и III фазы у пациентов с АС (https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT05445076). Потенциально она применима и к другим HLA-B*27-ассоциированным заболеваниям, таким как псориатический артрит, острый передний увеит, ювенильный идиопатический артрит и болезнь Крона, поскольку недавние исследования показали, что характерный мотив CDR3 TRBV9 широко представлен у HLA-B*27+ пациентов [6,7].

В будущем описанная выше стратегия специфичного устранения группы Т-клеток, включающей те, которые являются основной причиной заболевания, не сопровождающаяся системной иммуносупрессией, может быть использована и для лечения других аутоиммунных заболеваний (для которых будут выявлены семейства TCR, ассоциированные с болезнью), в том числе сахарного диабета 1-го типа [16], рассеянного склероза [21] и не-HLA-B*27-ассоциированной болезни Крона [17]. Возможно, когда-нибудь будет создана коллекция терапевтических моноклональных антител к различным сегментам TRBV и TRAV TCR. Это позволит каждому пациенту получать персонализированную иммунотерапию, основанную на идентификации клонов, участвующих в патогенезе заболевания, и выборе подходящего терапевтического моноклонального антитела или их комбинации.

Материал и методы

Одобрение этическим комитетом. Исследование было одобрено этическим комитетом РНИМУ им. Н.И. Пи ро гова (протокол № 221). Пациент предоставил письменное информированное согласие. Исследование было проведено в соответствии с рекомендациями CARE и принципами Хельсинкской декларации. Локальный этический комитет Научно-исследовательского института медицинской приматологии одобрил проведение экспериментов на животных.

Доклинические исследования. Для эксперимента были отобраны 12 самцов Macaca mulatta в возрасте 5–8 лет, прошедшие карантин. Образцы периферической крови для анализа репертуаров TCR с помощью секвенирования нового поколения (next generation sequencing, NGS) и ПЦР в реальном времени собирали непосредственно до и через 3, 6, 14, 22, 40, 90, 150 и 300 дней после однократного внутривенного введения препарата BCD-180 или иммуноглобулинов IgG человека. Животные были распределены на три группы: две экспериментальные и одну контрольную (по 4 в каждой). Животные в одной экспериментальной группе получали препарат BCD-180 в дозе 1 мг внутривенно, в другой – в дозе 10 мг внутривенно. Животные в контрольной группе получали человеческий иммуноглобулин IgG внутривенно (Мик роген). Животные были распределены по группам по результатам рандомизации для обеспечения равномерного распределения по массе тела в каждой группе.

В отдельном эксперименте 40 особей Macaca fascicularis (20 самцов и 20 самок) в возрасте 4–7 лет, прошедших карантин, были разделены на четыре группы (5 самцов и 5 самок в каждой группе). Животным различных групп вводили BCD-180 в дозах 3, 10, 30 мг/кг или плацебо один раз каждые 2 недели в течение 6 недель, после чего следовал 20-недельный период без лечения. Животных распределяли по группам по результатам рандомизации для обеспечения равномерного распределения по массе тела и пола в каждой группе. Животных содержали в соответствии с Европейской конвенцией по защите позвоночных животных, используемых в экспериментальных и других научных целях, с учетом видоспецифичных положений для нечеловекообразных приматов.

Исследование иммунотоксичности на Macaca fascicularis. Образцы периферической крови отбирали в пробирки Vacuette с гепарином (Greiner Bio-One) непосредственно перед введением препарата BCD-180 и через 3, 5, 7, 13, 18 и 25 недель после него. Образцы готовили в соответствии с методологией производителя (https://www.bdbiosciences.com/en-us/resources/protocols/ stain-lyse-no-wash). Образцы крови инкубировали со смесью меченных антител в течение 30 мин при температуре 37 °С и влажности 70–80%. Лизис эритроцитов проводили с использованием прибора для сортировки клеток, активируемой флуоресценцией (fluorescence-activated cell sorting, FACS) (Becton Dickinson). Субпо пуляционный состав лимфоцитов оценивали на проточном цитометре Guava easyCyte (Merck Millipore) с использованием реактивов меченных антител CD3PerCP-Cy5.5, клон SP34-2; CD4-FITC, клон L200; CD8PE, клон RPA-T8; CD20-FITC, клон 2H7, клон CD16-PE3G8 и клон CD56-PE MY31 (BD Biosciences). Была проведена количественная оценка следующих субпопуляций клеток: B-лимфоциты (CD20+), T-лимфоциты (CD3+), Th-лимфоциты (CD3+CD4+), цитотоксические CD8+ Т-лимфоциты (CD3+CD8+) и NK (CD3−CD16/56+). Данные обрабатывали с помощью программного обеспечения InCyte guavaSoft. Образцы периферической крови для анализа состава иммуноглобулинов отбирали с использованием пробирок Vacuette с активатором свертывания (Greiner Bio-One) для получения не менее 0,6 мл сыворотки непосредственно перед инъекцией препарата BCD-180 и через 6, 13 и 26 недель после нее. Уровень IgE в сыворотке крови определяли с помощью набора IgE обезьян для ИФА Monkey IgE ELISA kit (Life Diagnostics). IgA, IgG и IgM определяли в сыворотке крови на автоматическом биохимическом анализаторе HTI BioChem FC-360 (High Technology) с использованием стандартных наборов.

Анализ репертуаров TCRβ. Образцы периферической крови отбирали в пробирки Vacuette с ЭДТК. Мононуклеарные клетки выделяли из 6 мл периферической крови путем центрифугирования в градиенте плотности в растворе фиколла (Панэко). Клетки промывали буфером Хэнка; общую РНК экстрагировали с помощью набора RNeasy Mini (Qiagen) с обработкой ДНКазой. Подготовку библиотек кДНК TCRβ, меченных уникальным молекулярным идентификатором (unique molecular identifier, UMI), проводили с использованием набора Monkey TCR RNA (MiLaboratories) и набора Human TCR RNA Multiplex (MiLaboratories) в соответствии с инструкциями производителя. Для синтеза кДНК использовали 200 нг РНК мононуклеарных клеток периферической крови. Библиотеки кДНК TCRβ, ориентированные на TRBV9, готовили с использованием адаптированной версии набора Human TCR RNA Multiplex (MiLaboratories). Секвенирование проводили на Illumina MiSeq и NextSeq 550 с использованием парных прочтений длиной 150 + 150 нуклеотидов. Для группировки результатов на основе UMI и коррекции ошибок использовали MIGEC [24]. Экстракцию репертуаров TCRβ CDR3 проводили с помощью MiXCR [25]. Для последующего анализа использовали VDJtools [26].

Количественная оценка количества TRBV9 с помощью ПЦР в режиме реального времени. Образцы периферической крови отбирали у обезьян непосредственно перед первым введением анти-TRBV9 и через 21 день после него. Образцы периферической крови у пациента отбирали регулярно с помощью пробирок Vacuette. Мононуклеарные клетки периферической крови выделяли с использованием градиентного протокола в растворе фиколла (Панэко), промывали буфером Хэнка, а затем экстрагировали суммарную РНК с помощью набора RNeasy Mini (Qiagen) с обработкой ДНКазой. Синтез кДНК проводили с использованием обратной транскриптазы SmartScribe (Takara Bio) с короткими олигонуклеотидами BC4 в соответствии с протоколом производителя (структуры олигонуклеотидов приведены в дополнительной таблице 1). Для синтеза первой цепи кДНК использовали 300 нг РНК. ПЦР в реальном времени проводили в трех повторах с использованием набора qPCRmix-HS SYBR (Евроген) и следующих специфических олигонуклеотидов в конечной концентрации 0,2 мкМ каждого: для TRBV9 – прямой TRBV9-специфичный и обратный BCuni2; для TRBV7 – прямой TRBV7-специфичный и обратный BCuni2; а для TRBC – прямой BC_for_hum и обратный BC_rev_hum (только для образцов пациента). Для оценки различий в пороговых циклах между целевыми сегментами гена TRBV9 и эталонными сегментами гена TRBV7 (где TRBV7 представляет собой сумму сегментов гена TRBV7), а также между TRBV и эталонным сегментом TRBC до введения анти-TRBV9 терапии и в несколько моментов времени после этого применяли метод 2-ΔΔCT.

Статистический анализ. Для проверки равенства медиан распределения TRBV9/7 между моментами времени использовали тест Краскела – Уоллиса, а затем, при необ хо димости, тест Даннетта с уровнем значимости 95% с поправкой на эффект множественных сравнений. Статистический анализ и визуализацию проводили с использованием программной среды R v.3.14. (https:// www.R-project.org) и пакетов ggplot2 v3.4.3 [27] и ggseqlogo v0.1 [[28].

Доступность данных. Репертуары TCRβ CDR3 и метаданные представлены на ресурсе Figshare: https:// figshare.com/projects/TRBV9_depletion_TCR_repertoires/1713 69. Репертуары TCRβ CDR3 и метаданные Macaca mulatta доступны по ссылке: https://doi.org/ 10.6084/m9.figshare. 23609148.v2. Группа репертуаров TCR пациента представлена по ссылке: https://doi.org/10.6084/m9.figshare.23609970.v3. Репертуары TRBV9 TCR пациента доступны по ссылке: https://doi.org/10.6084/m9.figshare.23611209.v2.

Используемые источники

  1. Benjamin R, Parham P. Guilt by association: HLA-B*27 and ankylosing spondylitis. Immunol Today 1990;11:137–42.
  2. Faham M, Carlton V, Moorhead M, et al. Discovery of T cell receptor β motifs specific to HLA-B*27-positive ankylosing spondylitis by deep repertoire sequence analysis. Arthritis Rheumatol 2017;69(4):774–84.
  3. Komech EA, Pogorelyy MV, Egorov ES, et al. CD8+ T cells with characteristic T cell receptor beta motif are detected in blood and expanded in synovial fluid of ankylosing spondylitis patients. Rheumatology (Oxford) 2018;57(6):1097–104.
  4. Pogorelyy MV, Minervina AA, Shugay M, et al. Detecting T cell receptors involved in immune responses from single repertoire snapshots. PLoS Biol 2019; 17(6):e3000314.
  5. May E, Dulphy N, Frauendorf E, et al. Conserved TCR beta chain usage in reactive arthritis; evidence for selection by a putative HLA-B*27-associated autoantigen. Tissue Antigens 2002;60(4):299–308.
  6. Yang X, Garner LI, Zvyagin IV, et al. Autoimmunity-associated T cell receptors recognize HLA-B*27-bound peptides. Nature 2022;612(7941):771–7.
  7. Komech EA, Koltakova AD, Barinova AA, et al. TCR repertoire profiling revealed antigen-driven CD8+ T cell clonal groups shared in synovial fluid of patients with spondyloarthritis. Front Immunol 2022;13:973243.
  8. Garrido-Mesa J, Brown MA. T cell repertoire profiling and the mechanism by which HLA-B*27 causes ankylosing spondylitis. Curr Rheumatol Rep 2022; 24(12):398–410.
  9. Bowness P. HLA-B*27. Annu Rev Immunol 2015;33:29–48.
  10. Chiocchia G, Boissier MC, Fournier C. Therapy against murine collagen-induced arthritis with T cell receptor V beta-specific antibodies. Eur J Immunol 1991; 21:2899–905.
  11. Liu Z, Cort L, Eberwine R, et al. Prevention of type 1 diabetes in the rat with an allele-specific anti-T-cell receptor antibody: Vβ13 as a therapeutic target and biomarker. Diabetes 2012;61(5):1160–8.
  12. Paul S, Pearlman AH, Douglass J, et al. TCR β chain-directed bispecific antibodies for the treatment of T cell cancers. Sci Transl Med 2021;13(584):eabd3595.
  13. Maciocia PM, Wawrzyniecka PA, Philip B, et al. Targeting the T cell receptor βchain constant region for immunotherapy of T cell malignancies. Nat Med 2017; 23(12):1416–23.
  14. Putintseva EV, Britanova OV, Staroverov DB, et al. Mother and child T cell receptor repertoires: deep profiling study. Front Immunol 2013;4:463.
  15. Xue Z, Wu L, Tian R, et al. Disease associated human TCR characterization by deep-learning framework TCR-DeepInsight. Preprint at bioRxiv https://doi.org/ 10.1101/2023.05.22.541406 (2023).
  16. Nakayama M, Michels AW. Using the T cell receptor as a biomarker in type 1 diabetes. Front Immunol 2021;12:777788.
  17. Rosati E, Rios Martini G, Pogorelyy MV, et al. A novel unconventional T cell population enriched in Crohn's disease. Gut 2022;71(11):2194–204.
  18. Valente D, Mauriac C, Schmidt T, et al. Pharmacokinetics of novel Fc-engineered monoclonal and multispecific antibodies in cynomolgus monkeys and humanized FcRn transgenic mouse models. MAbs 2020;12(1):1829337.
  19. Mamedov IZ, Britanova OV, Bolotin DA, et al. Quantitative tracking of T cell clones after haematopoietic stem cell transplantation. EMBO Mol Med 2011; 3(4):201–7.
  20. Britanova OV, Bochkova AG, Staroverov DB, et al. First autologous hematopoietic SCT for ankylosing spondylitis: a case report and clues to understanding the therapy. Bone Marrow Transplant 2012;47(11):1479–81.
  21. Hayashi F, Isobe N, Glanville J, et al. A new clustering method identifies multiple sclerosis-specific T-cell receptors. Ann Clin Transl Neurol 2021;8(1):163–76.
  22. Sewell A. Why must T cells be cross-reactive? Nat Rev Immunol 2012;12:669–77.
  23. Montalvao F, Garcia Z, Celli S, et al. The mechanism of anti-CD20-mediated B cell depletion revealed by intravital imaging. J Clin Invest 2013;123(12):5098–103.
  24. Shugay M, Britanova OV, Merzlyak EM, et al. Towards error-free profiling of immune repertoires. Nat Methods 2014;11(6):653–5.
  25. Bolotin DA, Poslavsky S, Mitrophanov I, et al. MiXCR: software for comprehensive adaptive immunity profiling. Nat Methods 2015;12(5):380–1.
  26. Shugay M, Bagaev DV, Turchaninova MA, et al. VDJtools: Unifying Post-analysis of T Cell Receptor Repertoires. PLoS Comput Biol 2015;11(11):e1004503.
  27. Wickham H. ggplot2: Elegant Graphics for Data Analysis 1st edn (SpringerVerlag, 2009).
  28. Wagih O. ggseqlogo: a versatile R package for drawing sequence logos. Bioinformatics 2017;33:3645–7.